Это произошло из-за символа подчеркивания (_) в моем доменном имени.IE не разрешает доменные имена с _ и отказывается создавать cookie. См. Это.
Примечание. Перенаправление между ADFS и приложением происходит по разным причинам.В моем случае он работал нормально в других браузерах.