С помощью sed для удаления всех запятых, за которыми следует один символ без кавычек, и запятых, перед которыми не стоит один символ без кавычек:
sed 's/,*\([^"]\)/\1/g;s/\([^"]\),*/\1/g' file
Edit:
Добавлен *
квантификатор для соответствия последующим запятым.