Вы можете передать массив значений в метод findBy. Я также рекомендую вам написать свои собственные репозитории в конкретных случаях. Это полезно для более сложных запросов. В этом случае это будет выглядеть так:
public function findOneByIdAndConfirmationToken(int $userId, string $confirmationToken): ?User
{
return $this->getEntityManager()
->createQueryBuilder()
->select('u')
->from(User::class, 'u')
->where('u.id = :userId')
->andWhere('u.confirmationToken = :confirmationToken')
->setParameter('userId', $userId, PDO::PARAM_INT)
->setParameter('confirmationToken', $confirmationToken, PDO::PARAM_STR)
->getQuery()
->getOneOrNullResult();
}