После многих попыток и исследований кажется, что я нашел решение сразу после публикации вопроса.
На всякий случай, если кому-то еще это нужно, я использовал функцию setLabelCount
раньше, но никогдас параметром force
.Решение:
mChart.getAxisLeft().setLabelCount(visibleYCount, true);
Принудительный подсчет меток обеспечит количество линий по оси Y и, следовательно, их положение будет стабильным при разных наборах данных.