Я не думаю, что NPE вызовет какие-либо проблемы, но исключение может вызвать проблемы, если не обработано должным образом.
Например, у нас была похожая проблема, когда у нас было много исключений. У нас были глобальные объекты сессий, которые содержат все пользовательские сессии. Обычно мы очищаем его, когда запрос завершен. Однако, мы не делали блок finally, поэтому он не был очищен в случае исключения. Это вызывает утечку памяти и замедляет работу сервера.
Tomcat, как правило, становится быстрее после перезапуска, поэтому он может быть нормальным, в зависимости от того, насколько вы улучшены.