В вашем индексном представлении просто поместите следующую строку в начало
Layout = ((Context.Request.Headers != null) && (Context.Request.Headers["X-Requested-With"] == "XMLHttpRequest")) ? "_Layout" : null;
Это проверит заголовок ajax и установит макет в null, если он не найден, и установит его в макет, еслиэто запрос AJAX.