Вы можете использовать словарь, снабженный ключами первыми 2 элементами кортежа, чтобы отслеживать, сколько «дубликатов» существует для данного кортежа. Тогда вы можете игнорировать 2 набора элементов, которые не являются уникальными в конечном результате:
l = [('32822', '32891'), ('32822', '32891', 'HRSNNJAQ-vMME-02', '10.88.163.113'), ('32891', '32781'), ('32781', '32822'), ('32781', '32822', 'EKRGMD92-vMME-01', '10.88.158.81', 'KSCYMOEC-MME-03', '10.148.9.19'), ('32781', '33033', 'KSCYMOEC-MME-03', '10.148.9.19'), ('32781', '33033'), ('32891', '33033'), ('32822', '33033')]
groups = {}
for t in l:
k = t[:2]
groups.setdefault(k, []).append(t)
result = [t for t in l if len(t) > 2 or len(groups[t]) == 1]
print(result)
# [('32822', '32891', 'HRSNNJAQ-vMME-02', '10.88.163.113'), ('32891', '32781'), ('32781', '32822', 'EKRGMD92-vMME-01', '10.88.158.81', 'KSCYMOEC-MME-03', '10.148.9.19'), ('32781', '33033', 'KSCYMOEC-MME-03', '10.148.9.19'), ('32891', '33033'), ('32822', '33033')]