Может быть, вам следует переустановить Atom:
pip uninstall atom
pip install atom
Если это не сработает, попробуйте pip3
вместо pip
:
А если эти двое не работают, попробуйте:
python -m pip uninstall atom
python -m pip install atom
Если это тоже не сработает, убедитесь, что вы удалили Atom, а затем можете попробовать установить его без пипа:
Как вручную установить модуль pypi без pip / easy_install?