Проблема была вызвана этапом сборки xUnit, когда в плагине xUnit TeamCity была ошибка, из-за которой неправильно сообщалось, что агенты сборки, на которых установлен только .NET 4.7+, несовместимы с проектом.
Исправление заключалось в простом обновлении xUnit TeamCity , который содержит исправление ошибки, и соответствующие проекты снова начали успешно строить.