Да, вы можете сделать запрос с Йеной.Это именно то, на что рассчитана Йена.Однако я бы предложил вам импортировать файл в хранилище данных RDF, а затем использовать Jena для выполнения SPARQL-запроса к хранилищу данных RDF.
Возможно, вы захотите увидеть мой ответ на вопрос на SO, где я даю некоторые ссылки на хранилища данных RDF.