Я нашел для меня рабочее решение:
Я соединил узлы поддеревьев с наибольшим количеством отношений (входящие и исходящие ребра) друг с другом.
Затем я включил физику ивыключил его после того, как сцена «установилась».
network.on("stabilizationIterationsDone", function () {
network.setOptions( { physics: false } );
console.log(network.getSeed());
});
Я обновил сцену несколько раз и взял желаемое начальное число в качестве randomSeed в опции макета.
Я получил подсказкуиспользуя физику из поста Дениса Мс: ссылка на пост блога