Что вы подразумеваете под «обновить файл веб-приложения»?Если вы выполняете обновление appcfg, вам необходимо убедиться, что в каталоге «содержится файл app.yaml и все другие файлы, необходимые для приложения или модуля, определяемого файлом app.yaml».
Пожалуйста, прочитайте эту документацию для деталей.