Что-то в приведенных ниже строках должно решить эту проблему.
import pandas as pd
df1 = pd.read_csv('your_file1.txt',sep=' ',names=['col1','col2','col3'])
df2 = pd.read_csv('your_file2.txt',sep=' ',names=['col1','col2','col3'])
df1.merge(df2,how='inner',on='col1')