Вы можете использовать это регулярное выражение, которое использует положительный взгляд вперед, чтобы отбросить совпадающую запятую, которая находится за скобками,
,(?=[^()]*\))
Демо
var s = "(37.400809377128354, -122.05618455969392),(37.3931723332768, -121.89276292883454)";
console.log(s.replace(/,(?=[^()]*\))/g, ''));