Несмотря на то, что отдельный параметр является поточно-ориентированным, он не является локальным для потока, и его изменение будет видно всем потокам.
Самый простой вариант - создать FileChannel для каждого потока, который исключает любые взаимодействия, если вы не пишете вфайл, в котором эти изменения можно увидеть.