Во-первых, вы хотите поместить содержимое отдельных страниц в iframe (а не во флэш-видео), поскольку это то, что вы хотите обновить. Вы хотите, чтобы флэш-память была на реальной родительской странице, чтобы она всегда оставалась неизменной. (или поместите оба в отдельные элементы iframe и обновите только содержимое iframe).
Что касается вашего вопроса о фоне iframes, вы можете сделать его прозрачным, чтобы фон все еще был виден через него.
Для этого установите для свойства ALLOWTRANSPARENCY значение true в вашем iframe, например,
<iframe width="100%" height="500px" name="content" src="home.html" frameborder=0 allowtransparency="true"></iframe>
А затем на страницах, которые будут содержаться в iframe, установите фон тела прозрачным:
<body style="background-color:transparent">