$favFruit
будет массивом даже при выборе одного параметра и пустым, если ничего не выбрано.
print_r($_POST["favFruit"]);
вернется Array ( [0] => banana [1] => plum )
Вам нужно посмотреть, существует ли элемент в массиве, и выбрать на основе этой проверки.
<select class=favfruitwindow name="favFruit[]" size="4" multiple>
<option <?php if (isset($favFruit) && in_array('apple', $favFruit)) echo "selected"; ?> value="apple">Apple</option>
<option <?php if (isset($favFruit) && in_array('banana', $favFruit)) echo "selected"; ?> value="banana">Banana</option>
<option <?php if (isset($favFruit) && in_array('plum', $favFruit)) echo "selected"; ?> value="plum">Plum</option>
<option <?php if (isset($favFruit) && in_array('pomegranate', $favFruit)) echo "selected"; ?> value="pomegranate">Pomegranate</option>
<option <?php if (isset($favFruit) && in_array('strawberry', $favFruit)) echo "selected"; ?> value="strawberry">Strawberry</option>
<option <?php if (isset($favFruit) && in_array('watermelon', $favFruit)) echo "selected"; ?> value="watermelon">Watermelon</option>
</select>