Я занимаюсь разработкой распределенной файловой системы ... Я буду использовать сервер WMWare для установки Linux внутри виртуальной машины.
VMware отлично подходит для такого рода вещей. Не должно быть никакой разницы, за исключением, как сказал RichieHindle, производительности, особенно если вы планируете запускать несколько vms на одном сервере.
Используйте реальное оборудование, если хотите получить результаты тестов производительности.
Java - это собственная «ВМ» ... поверх уровня виртуализации в гостевой ОС ... поверх VMware ... в ЦП модели виртуального исполнения. Возьмите немного виртуализации здесь, добавьте немного виртуализации, и довольно скоро мы поговорим о какой-то реальной абстракции!