Похоже, вы создали Qt для разработки и нацеливания на ARM, а не разработки на хосте и нацеливания на плату ARM.Сборка Qt для разработки на ARM создаст qmake и другие инструменты для ARM.Сборка Qt для разработки на хосте и цель (запуск) на руке создаст инструменты сборки Qt для хоста и среды выполнения Qt для ARM.
Секрет заключается в добавлении -hostprefix <hostdir> к строке конфигурации,Здесь указывается место размещения инструментов сборки на стороне хоста (moc, uic, qmake) на хосте.
Полный список параметров для configure можно найти, запустив configure --help.
.