Я думаю, что вы описываете внешний ключ :-) Цитируя мой ответ на другой вопрос, вы можете либо выбрать связанный объект и назначить его таким образом:
table1Item.Table2 = ctx.Table2.First(t => t.ID == newID);
Или, если вы не хотите запрашивать базу данных, чтобы получить сущность внешнего ключа, или вы не настроили сущности таким образом по какой-либо причине, вы также можете использовать EntityKey для того же эффекта:
tableItem.Table2Reference.EntityKey = new EntityKey("MyDb.Table2", "ID", newID);