Для разбора аргументов командной строки я рекомендую args4j .
ОБНОВЛЕНИЕ: Исходя из описания вашей проблемы, может показаться, что любой или все из следующих вариантов будут лучше, чем ваш собственный: Хадсон , Capistrano , Fabric , или просто старый сценарий оболочки.
ОБНОВЛЕНИЕ 2: Основываясь на отрицательных комментариях и комментариях, вы, кажется, заинтересованы во взаимодействии с командной строкой с другой стороны, то есть в управлении командной строкой, а не в управлении командной строкой. В этом случае горький опыт показывает, что Java решительно не лучший выбор. Практически любой «скриптовый» язык подходит лучше. Если вы все еще хотите это сделать, всегда есть ProcessBuilder и друзья.