Похоже, что SharpSvn - это просто оболочка API .NET для инструмента командной строки Subversion, и в него не включен механизм управления разрешениями, это невозможно (см. здесь ). Разные дистрибутивы Subversion управляют разрешениями в разных модах, поэтому подходы к управлению этим вне SharpSvn будут отличаться.
Сервер Visual SVN использует файл authz-windows в корне хранилища для управления разрешениями на основе AD. Он хранит SID пользователя и имя репо в виде простого текста, поэтому я решил проблему API, просто напрямую управляя содержимым этого файла. Не так элегантно, как я надеялся, но конечный результат тот же.