Есть несколько способов убедиться, что вы используете ту версию Python, которая вам нужна.Docker один, посмотрите на https://github.com/puckel/docker-airflow для хорошего примера.
Другой способ - использовать виртуальные среды.Я только с успехом использовал Virtualenv .Мне нравится Pipenv , но, к сожалению, я столкнулся с некоторой проблемой зависимости, используя ее с Airflow.
В любом случае, вот пример того, что должно работать с Virtualenv:
cd your-project
virtualenv -p python3 .direnv
source .direnv/bin/activate
pip install -r requirements.txt
python --version должен перечислить Python 3, и запуск airflow webserver, должен запустить Airflow в Python 3.