Нет, API-интерфейс emscripten VR в настоящее время не использует WEBGL_MULTIVIEW_EXTENSION.
Поскольку в конечном итоге произойдет перезапись для переноса API-интерфейса устройства WebXR (API-интерфейс Emscripten использует WebVR 1.1), я не уверен, что будетесть смысл поработать над этим, но если у вас есть свободное время, попробуйте!
Приветствия, Джонатан (Squareys)