Я полагаю, на этикетках могут быть дубликаты? Вы можете использовать np.unique и возвращать уникальные индексы, а также фильтровать значения данных по ним.
import numpy as np
labels = np.array(['a', 'b', 'c', 'b', 'd', 'c', 'a', 'e'])
vals = np.array([1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8])
unique, unique_idx = np.unique(labels, return_index=True)
filtered_vals = vals[unique_idx]
combined = np.vstack((unique, filtered_vals))
print combined
выход
[['a' 'b' 'c' 'd' 'e']
['1' '2' '3' '5' '8']]