Здесь есть некоторая приятная информация о внутренностях Spy ++: http://blogs.msdn.com/b/vcblog/archive/2007/01/16/spy-internals.aspx. Он поддерживает ответ DeusAduro, что Spy ++ устанавливает глобальные хуки (фактически 3 хука, один из которых WH_CALLWNDPROC).
Вы также можете найти дополнительную информацию о Spy ++ - клоне здесь: http://www.codeproject.com/KB/dialog/windowfinder.aspx.
Кроме того, здесь должна быть загружена очень похожая программа в SDK: http://msdn.microsoft.com/en-us/library/Aa231779, но, похоже, она повреждена (нет загрузки - как и многие ссылки на msdn :().
В зависимости от того, что вы хотите получить (если это не hwnd), вы также можете получить AutomationElement:
System.Windows.Point pt = new System.Windows.Point(System.Windows.Forms.Cursor.Position.X, System.Windows.Forms.Cursor.Position.Y);
AutomationElement ae = AutomationElement.FromPoint(pt);