Вам нужно посмотреть на разницу между кодом на стороне клиента и на стороне сервера. Действие, которое вы выполняете в Javascript, нельзя передать исходному сценарию Codeigniter, так как этот сценарий уже был выполнен.
Чтобы перезвонить Codeigniter, вы хотите использовать Ajax и, в частности, функции Ajax в jQuery , поскольку вы, похоже, используете это.
Это сложная тема, и вы должны изучить ее подробно, чтобы убедиться, что вы понимаете разницу между серверной и клиентской сторонами, когда они происходят и как они взаимодействуют. Если вам нужен более быстрый и грязный подход, эта статья от IBM кажется идеальной, поскольку в ней говорится об Ajax, jQuery и CodeIgniter.