Нет необходимости в скрытом инструменте. Visual Studio - это инструмент.
Когда вы открываете решение более низкого уровня, Visual Studio попытается обновить любой проект и предоставит отчет о том, что было автоматически обновлено, а что не удалось обновить, что требует ручного вмешательства.
Вы можете сделать это на своем решении, чтобы получить предварительный просмотр любой работы, необходимой для реального обновления.
Исходя из BizTalk Server 2006, вам потребуется промежуточная версия, чтобы в конечном итоге нацелить BizTalk Server 2016. Вы можете загрузить BizTalk Server 2010 из MSDN. Все, что вам нужно установить, это SDK. Вам не нужно устанавливать / настраивать полный BizTalk Server.