Как сохранить XML-файл, открытый в DomDocument, чтобы внутренний код не был закодирован в HTML-сущности?
Я бы сказал, прочитайте его, как обычно, затем используйте html-entity-decode ()
http://www.php.net/manual/en/function.html-entity-decode.php
во всем, что вы используете, чтобы записать его обратно в формате XML.