Вы печатаете значения подсписка second с этим, потому что индекс начинается с 0. И так как у второго подсписка есть только 2 элемента, ArrayIndexOutOfBoundsException генерируется на третьей итерации
измените его на это, и оно будет работать:
System.out.println(letters[0][i]);
Редактировать: из вашего комментария я понял, что вы хотите сделать то же самое не только для первого подсписка, но и для любого из них.Здесь важно то, что при обоих упоминаниях letter[x]
х должно быть одинаковым.Таким образом, вы можете использовать переменную для этого.
int sublistIndex = 0; // choose any index (0-based) to define which sublist
char[][] letters = {{'a','e','i','o','u','l','n','s','t','r'},{'d','g'},
{'b','c','m','p'},{'f','h','v','w','y'},{'k'},{'j','x','q','z'}};
for(int i= 0; i < letters[sublistIndex].length; i ++)
{
System.out.println(letters[sublistIndex][i]);
}