Проще всего было бы определить вектор «факторов деления», а затем просто разделить стек по этому вектору. Таким образом, вам не нужно размещать полосы в «оригинальном» порядке:
library(raster)
a <- raster::raster(ncols = 10, nrows = 10)
a <- raster::init(a, runif)
# create a stack
b <- raster::stack(a,a,a,a,a,a)
# define vector of dividing factors
divs <- c(1,1,10,10,100,100)
# compute
c <- b / divs
c
class : RasterBrick
dimensions : 10, 10, 100, 6 (nrow, ncol, ncell, nlayers)
resolution : 36, 18 (x, y)
extent : -180, 180, -90, 90 (xmin, xmax, ymin, ymax)
coord. ref. : +proj=longlat +datum=WGS84 +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0
data source : in memory
names : layer.1, layer.2, layer.3, layer.4, layer.5, layer.6
min values : 5.919103e-03, 5.919103e-03, 5.919103e-04, 5.919103e-04, 5.919103e-05, 5.919103e-05
max values : 0.99532098, 0.99532098, 0.09953210, 0.09953210, 0.00995321, 0.00995321