Я борюсь с запуском perl-скрипта, которому нужно несколько необходимых модулей (perl-модулей). Единственный способ отправить эту работу - через:
qsub my_code.pbs
Непосредственно отправленные команды оболочки не разрешены администратором root.
Perl присутствует по умолчанию как версия 5.10, но мне может понадобиться Perl 5.16 или выше, и у меня нет привилегий root. Я знаю, что сценарии PBS ожидают загрузки любой программы в виде модуля PBS
Это то, что я пытался использовать mpirun
#!/bin/csh
#PBS -l walltime=10:00:00
#PBS -N hello_world1
#PBS -q workq
#PBS -l select=4:ncpus=16:mpiprocs=16
#PBS -l place=scatter:excl
#PBS -V
module load "/usr/bin/perl"
cmd="perl t2.pl"
mpirun -np 2 $cmd
# Go to the directory from which you submitted the job
echo PBS working directory is $PBS_O_WORKDIR
# echo PBS default server is $PBS_DEFAULT
echo $PBS_NODEFILE
Я не уверен, должен ли я включить это прямо
perl t2.pl
вместо mpirun.
Perl не указан в доступных модулях. Даже если я сделаю это, запросив администратора root, я все еще не уверен, сработают ли необходимые модули perl или нет?
Мой Perl-код требует:
use threads;
use threads::shared;
use List::Util qw( sum );
use YAML;
Примечание: модуль Perl - это модули cpan, которые я использую и вызываю внутри кода perl.
Модуль PBS относится к программным модулям, загружаемым через скрипт модуля в кластере HPC.