Если экранировать JSON, вам нужно заключить его в строку
D:\MyApplication.exe "{\"mydllpath\":\"D:\dll\",\"FilePath\":\"D:\Input\abc.doc\", \"Attribute\":\"word\"}"
, которая будет получена в коде как
{"mydllpath":"D:\dll", "FilePath":"D:\Input\abc.doc", "Attribute":"word"}
и разрешить правильный синтаксический анализ.
var json = args[0];
var x = JObject.Parse(json);