Доступ к вашим данным в настоящее время должен быть ограничен именем пользователя / паролем для MySQL. Где вы храните это?
Добавление шифрования в микшер повышает возможность разделения данных, которые вам нужны для доступа к данным, на разные подложки - с разной экспозицией.
Ссылка в комментарии Мехди охватывает некоторые варианты на довольно абстрактном уровне.Это не касается, например, хранения ключа у клиента.Но выбор используемых вами методов зависит от инфраструктуры, управления кодом, развертывания и рабочих процессов.Правильный выбор для низкоуровневого общего веб-хостинга не является правильным выбором для выделенного центра обработки данных и наоборот.
Вы предлагаете особый метод управления ключом: хранение его вне корневого документа ограничивает доступ,Если вы идете дальше и сохраняете его в чем-то, что распознается вашим веб-сервером как код PHP, то доступ через веб-сервер должен предоставлять только выходные данные кода PHP - наоборот, если он хранится в текстовом файле, и кто-то может заставить веб-серверобслуживайте файл, у них будет доступ к ключу.
OTOH это не лучшее решение, если ключ находится в вашем хранилище github или если другие люди имеют доступ к вашей файловой системе / резервным копиям / журналам.
Вам нужно подумать о том, как вы разрабатываете код, кто должен иметь возможность использовать ключ, кто должен видеть сам ключ, кто точно не должен видеть ключ, как ваши резервные копииуправляются тем, у кого есть доступ к вашему хранилищу .....
Невозможно предоставить достаточную информацию в вопросе здесь о SO, чтобы получить информированный и окончательный ответ.