Честно говоря, единственный правильный ответ здесь - , не делайте этого - изучите CSS правильно . Кажется, вы хотите обойти некоторые недостатки в CSS, но вы не говорите, что они есть, за исключением «макета», который выглядит как можно более расплывчатым. CSS отлично справляется с макетом (используя поплавки, а не позиционирование - последний редко используется для верстки).
Установка стилей CSS с использованием Javascript, насколько я вижу, не решает никаких проблем. Может быть, вам нужно более четко (с примерами) объяснить, в чем ваша проблема.