Вам нужно указать соглашение об именах подчеркивания на стороне источника:
Mapper.Initialize(i =>
{
i.SourceMemberNamingConvention = new LowerUnderscoreNamingConvention();
i.CreateMap<Source, Dest>();
});
Вы можете сделать это глобально (как показано выше) или для каждого профиля, если только некоторые из ваших типов источников следуют этому соглашению об именах.