Ошибка ввода: ожидалось, что --nodes будет иметь хотя бы 1 допустимый элемент, но имел 0 [] - PullRequest
Новая
       33

Ошибка ввода: ожидалось, что --nodes будет иметь хотя бы 1 допустимый элемент, но имел 0 []

0 голосов
/ 26 января 2019

Я прочитал множество статей по этой проблеме здесь, но я все еще не могу обойти эту проблему. Я пытался использовать Neo4j-import для некоторых больших CSV данных генома, которые у меня есть, но, похоже, он не распознает файлы. Моя командная строка выглядит следующим образом: 

user@LenovoPC ~/.config/Neo4j Desktop/Application/neo4jDatabases/database-2f182948-e170-45b1-b9f4-19d236ff5d43/installation-3.5.1 $ \
bin/neo4j-import --into data/databases/graph.db --id-type string \
--nodes:Allele variants.csv --nodes:Chromosome chromosome.csv --nodes:Phenotype phenotypes.csv \
--nodes:Sample samples.csv --relationships:BELONGS_TO variant_chromosomes.csv \
--relationships: sample_phenotypes.csv --relationships:ALTERNATIVE_TO variant_variants.csv \
--relationships:HAS sample_variants50-99.csv.gz

Но я получаю следующую ошибку: 

WARNING: neo4j-import is deprecated and support for it will be removed in a future version of Neo4j; please use neo4j-admin import instead.
Input error: Expected '--nodes' to have at least 1 valid item, but had 0 []

Caused by:Expected '--nodes' to have at least 1 valid item, but had 0 []
java.lang.IllegalArgumentException: Expected '--nodes' to have at least 1 valid item, but had 0 []
    at org.neo4j.kernel.impl.util.Validators.lambda$atLeast$6(Validators.java:144)
    at org.neo4j.helpers.Args.validated(Args.java:670)
    at org.neo4j.helpers.Args.interpretOptionsWithMetadata(Args.java:637)
    at org.neo4j.tooling.ImportTool.extractInputFiles(ImportTool.java:623)
    at org.neo4j.tooling.ImportTool.main(ImportTool.java:445)
    at org.neo4j.tooling.ImportTool.main(ImportTool.java:380)

Я указал путь к файлу, так как использую Neo4j Desktop и не уверен, что у него другая структура файла? Мои csv-файлы хранятся в папке импорта (но у меня также есть копии в текущей папке и папке graph.db на всякий случай).

Каталог для импорта выглядит следующим образом: 

user@LenovoPC ~/.config/Neo4j Desktop/Application/neo4jDatabases/database-2f182948-e170-45b1-b9f4-19d236ff5d43/installation-3.5.1/import $ dir
chromosomes.csv        samples.csv          variants.csv
phenotypes.csv         sample_variants50-99.csv.gz  variants.csv.gz
sample_phenotypes.csv  variant_chromosomes.csv      
variant_variants.csv

Я могу только предположить, что это мой путь к файлу, но я перепробовал немало альтернатив и мне совсем не повезло. Если бы кто-нибудь мог пролить свет на проблему, я был бы очень признателен!

1 Ответ

0 голосов
/ 26 января 2019

Лучше всего перейти в каталог на рабочем столе, поместить файлы CSV в папку импорта.

, затем вы можете сделать: 

cd ~/.config/Neo4j Desktop/Application/neo4jDatabases/database-2f182948-e170-45b1-b9f4-19d236ff5d43/installation-3.5.1

bin/neo4j-import --into data/databases/graph.db --id-type string \
--nodes:Allele import/variants.csv \
--nodes:Chromosome import/chromosome.csv \
--nodes:Phenotype import/phenotypes.csv \
--nodes:Sample import/samples.csv \
--relationships:BELONGS_TO import/variant_chromosomes.csv \
--relationships import/sample_phenotypes.csv \
--relationships:ALTERNATIVE_TO import/variant_variants.csv \
--relationships:HAS import/sample_variants50-99.csv.gz

Еще несколько замечаний:

  • HAS - это довольно общий тип отношений
  • Я пропустил здесь двоеточие: --relationships import/sample_phenotypes.csv не уверен, что у вас есть rel-тип в файле
  • это один файл?--relationships:HAS import/sample_variants50-99.csv.gz
...