Да, в изолированном хранилище используется SHA1Managed для внутреннего использования, что не соответствует FIPS. Вы получите исключение из инициализации изолированного хранилища, если включен FIPS (с сообщением «Эта реализация не является частью проверенных криптографических алгоритмов FIPS платформы Windows»).
Документы MSDN не упоминают об этом на основных страницах для изолированного хранилища, но об этом упоминается на этой странице. Я не встречал способа заставить его работать с включенным FIPS - большинство предложений заключается в том, чтобы самостоятельно реализовать механизм, аналогичный изолированному хранилищу, с использованием файлов, зашифрованных с помощью TripleDES.