Из вашего вопроса не ясно, откуда берется строка или она уже отфильтрована для конкретного вывода, который вы используете для этой строки.
В следующем предполагается, что вы искали путь до родительского каталога lib
:
@Echo Off
Set "String=[0.020s][info][class,load] opened: C:\Program Files\Java\jdk-9.0.1\lib\modules"
For /F "Tokens=2*" %%A In ('"Echo %String:\lib\=&:%"') Do Set "var=%%~B"
Echo [%var%]
Pause
Пример вывода:
[C:\Program Files\Java\jdk-9.0.1]