Похоже, что все ваши модальные DIV имеют одно и то же имя класса 'modal_main'.В вашем Javascript вы просто указываете ему показывать каждый элемент с классом 'modal_main'.Как он узнает, какой модал отображать?
Вам нужно будет присвоить какой-то уникальный идентификатор или имя класса каждому модалу, а затем пусть ваш JS просто откроет нужный.
Редактировать...
Это должно вывести вас на правильный путь.Подумайте, как ваши обработчики кликов могут читать данные-цели и использовать их, чтобы открыть правильный модал.У меня нет времени, чтобы написать свой JS:)
<?php
$con=mysqli_connect("localhost","root","","task");
$results = mysqli_query($con, "SELECT * FROM note");
$i = 1;
while ($row = mysqli_fetch_array($results)) {
?>
<button class="call_modal" data-target="<? echo $i; ?>" style="cursor:pointer;"><? echo $row['title']; ?></button>
<div class="modal" id="modal<? echo $i; ?>">
<div class="modal_close close"></div>
<div class="modal_main">
<div class="note">
<h2><?php echo $row['title']; ?></h2>
<p><?php echo $row['note']; ?></p>
<img src="i783wQYjrKQ.png" class="close" style="line-height: 12px; margin-top: 1px; margin-right: 2px; position:absolute; top:0; right:0;">
</div>
</div>
</div>
</div>
<?php
$i++;
}
?>