Вероятно, это относится к ServerFault, но есть множество веских причин не использовать папку по умолчанию, по крайней мере, в производственных средах.
Самое большое преимущество в том, что вы можете избежать стандартных канонических атак, еслисайты находятся на другом диске, нежели ОС - кто-то не может легко получить доступ к cmd.exe, если ему удается проникнуть в IIS.
В зависимости от скорости диска, если веб-контент не борется за доступ к диску с операционной системой, в некоторых сценариях может помочь.
В зависимости от конфигурации вашего устройства и сети может быть много других преимуществ.настроены и какие у вас игрушки.