Вам не лучше использовать SQLite.net.pcl (Фрэнк Крюгер) вместо SQLite.net-PCL (ОйстейнКрог) ?
SQLite.net-PCL больше не поддерживается, см. Верхнюю часть README здесь . Версия OysteinKrog была ответвлением версии Фрэнка Крюгера (оригинала), я думаю, из-за того, что она не была активно разработана несколько лет назад, но сейчас Фрэнк и другие активно поддерживают проект. Я бы предложил перейти на него.
SQLite.net.pcl поддерживает стандарт .NET, см. Выпуск 1.3.0 здесь
Говоря, что предупреждение, которое вы видите, просто сообщает вам, что оно предназначено для версии пакета NuGet .NET Framework v4.6.1, а не для поиска версии .NET Standard. Это означает, что он нашел версию, но пакет NuGet официально не поддерживает .NET Standard 2.0, поэтому он все еще может работать, но не тестируется.