Вы можете сделать
DF[] <- as.integer(DF > 0)
DF
# Var1 Var2 Var3
#1 1 1 1
#2 1 1 0
#3 0 1 1
#4 1 1 1
#5 1 0 1
Если вы хотите расширить свой фрейм данных, попробуйте
DF[paste0(names(DF), "_Binary")] <- as.integer(DF > 0)
DF
# Var1 Var2 Var3 Var1_Binary Var2_Binary Var3_Binary
#1 1 1 1 1 1 1
#2 3 2 0 1 1 0
#3 0 1 2 0 1 1
#4 3 3 1 1 1 1
#5 5 0 3 1 0 1
data
DF <- structure(list(Var1 = c(1L, 3L, 0L, 3L, 5L), Var2 = c(1L, 2L,
1L, 3L, 0L), Var3 = c(1L, 0L, 2L, 1L, 3L)), .Names = c("Var1",
"Var2", "Var3"), row.names = c(NA, -5L), class = "data.frame")