Вероятно, проблема связана с тем, что у вас настроен такой пакет:
new StyleBundle("~/Content/css")
, в то время как в проекте имеется папка Content с подпапкой css.
Измените имя пакета, чтобы оно не конфликтовало с реальной папкой, и оно должно работать.