В зависимости от того, насколько перекрываются две схемы, я бы создал две отдельные * .dbml, разделенные пространством имен. Можно было бы иметь MyApp.Entities.HumanResources.Employees. Другой класс будет сопоставлен с MyApp.Entities.Production.Employees.
Если в двух схемах много совпадений, то это решение может работать не очень хорошо для вас. В этом случае вам придется переименовать класс в конструкторе (например, HrEmployees и ProductionEmployees).