Вы можете нарисовать еще один контур замаскированных областей.Для этого можно замаскировать данные массивом numpy.ma
.Затем используйте его маску для построения другого контура на уровне, близком (но не совсем) к нулю.
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
fig, ax = plt.subplots()
d = np.random.rand(10, 10)
mask = np.zeros(d.shape, dtype=bool)
mask[2, 2], mask[3, 5] = 1, 1
masked_d = np.ma.array(d, mask=mask)
plt.contour(masked_d)
plt.contour(mask, [0.01], colors="k", linewidths=3)
plt.show()
