Нет;добавление $NODE_DEBUG_OPTION к package.json вручную - единственный способ отладки приложения, запущенного с помощью сценария npm, поскольку вы должны убедиться, что процесс Node.js, который вы хотите отлаживать, запускается с соответствующими параметрами отладки (--debug-brk,--inspect-brk и т. Д.), А среда IDE не может управлять способом порождения дочерних процессов - она может передавать параметры только главному процессу при его запуске.
См. Также http://pavelpolyakov.com/2016/05/01/webstorm-npm-tasks-debug/ - выможет найти эту статью полезной