Вы можете сделать следующее:
1. Создать карту от int
до C
, чтобы вы могли выполнять кастинг на int[]
2. Создать карту от A
до B
A a = new A();
a.ArrayOfIds = new int[] { 1, 2, 3 };
var config = new MapperConfiguration(cfg => {
cfg.CreateMap<int, C>().ForMember(dest => dest.Id, opts => opts.MapFrom(src => src));
cfg.CreateMap<A, B>().ForMember(dest => dest.MyList, opts => opts.MapFrom(src => src.ArrayOfIds));
});
IMapper mapper = config.CreateMapper();
var b = mapper.Map<B>(a);