Просто сделайте это вручную, чтобы ширина ячейки стала суммой обеих объединенных ячеек.
Согласно вашему примеру:
$column_widths = ["50","50","50","50"];
// First row.
$pdf->Cell($column_widths[0], 5, "Cell", "", 0, "C", false);
$pdf->Cell($column_widths[1] + $column_widths[2], 5, "Cell", "", 0, "C", false);
$pdf->Cell($column_widths[3], 5, "Cell", "", 0, "C", false);
// Second row.
$pdf->Cell($column_widths[0], 5, "Cell", "", 0, "C", false);
$pdf->Cell($column_widths[1], 5, "C1", "", 0, "C", false);
$pdf->Cell($column_widths[2], 5, "C2", "", 0, "C", false);
$pdf->Cell($column_widths[3], 5, "Cell", "", 0, "C", false);
// Third row.
$pdf->Cell($column_widths[0], 5, "", "", 0, "C", false);
$pdf->Cell($column_widths[1], 5, "C1", "", 0, "C", false);
$pdf->Cell($column_widths[2], 5, "C2", "", 0, "C", false);
$pdf->Cell($column_widths[3], 5, "Cell", "", 0, "C", false);
Или что-то в этом роде.