Нет, это, как правило, не должно вызывать никаких проблем.
Все, что вам нужно, это позаботиться о том, чтобы пользователь, который запускает ваше установленное приложение, имел на это разрешение.Я не думаю, что имеет большое значение, какой пользователь создает virtualenv, в котором в конечном итоге будет находиться ваше приложение (что в основном и контролирует pipenv).